违法建筑的认定本身应当是行政处罚,根据《行政处罚法》第29条“违法行为在二年内未被发现的,不再给予行政处罚。法律另有规定的除外。前款规定的期限,从违法行为发生之日起计算;违法行为有连续或者继续状态的,从行为终了之日起计算。”之规定,从房屋主体结构建成之日起开始计算违法行为的连续或继续的状态,超过2年的,就不得再将其认定为违法建筑。之所以这么理解,考虑更多的是督促行政机关及时有效执法及固定当事人的物权。根据行政处罚法中的程序,即经过“(1)调查询问、现场勘验(2)责令停止违法行为(3)行政处罚事实、理由、依据、权力、义务告知,当事人的陈述、申辩权(4)作出行政处罚决定后”后方可将一个建筑物叫做违法建筑。
    《物权法》第30条规定,因合法建造、拆除房屋等事实行为设立或者消灭物权的,自事实行为成就时发生效力。此规定确立了建筑物权,无证房屋或是证件不齐全的房屋的房屋不必然就是违章建筑,是否是“违法建筑”,要分别从土地使用、用地规划、工程规划、施工许可、竣工验收、装饰装潢的相关法律法规规定的环节分析。
      小产权房有着复杂的历史背景,国家对集体土地的政策限制了部分主体在该地上的使用权。我国现行法律、行政法规并未对集体土地上房屋规划许可、施工许可等在国有土地上建造房屋要求的前置要件做规定,在集体土地上建造的小产权房,只要不严重违反有关规划和工程准则,都不应当被认定为违法建筑。